Stiftelsen grundades 1963 av filosofie doktor Magnus Ehrnrooth för att stöda forskningen inom matematik och naturvetenskaperna i Finland. Ehrnrooth hade själv doktorerat i kemi och var därutöver speciellt intresserad av matematik och astronomi.
Magnus Ehrnrooth donerade de första en halv miljon mark till stiftelsen som utgör stiftelsens grundkapital. Ehrnrooth fortsatte donera egendom till stiftelsen under dess första verksamhetsår och tillsammans uppgår dessa donationer till cirka 2,6 miljoner euro i dagens penningvärde.
Idag delar stiftelsen ut årligen ungefär två miljoner till matematik, fysik, astronomi, kemi inklusive medicinsk kemi. Utöver detta delar stiftelsen ut stipendier vars syfte är att utveckla undervisningen i matematik och naturvetenskaperna i grundskolorna och gymnasiet.
Från och med 1986 delar stiftelsen ut Magnus Ehrnrooth priset som delas ut varje år till en meriterad forskare inom kemi, fysik eller matematik.
Magnus Ehrnrooth stiftelse är en av fyra Ehrnrooth-stiftelser. Ehrnrooth-stiftelserna är betydande finansiärer av finländsk forskning och kultur som delar årligen tillsammans ut stipendier till ett belopp om cirka 7 miljoner euro. De övriga stiftelserna är:
Ella och Georg Ehrnrooths stiftelse. Stöder forskning inom humaniora, samhällsvetenskaper och biovetenskaper.
Mary och Georg C. Ehrnrooths stiftelse. Stöder medicinsk forskning inom mag- och ögonsjukdomar.
Louise och Göran Ehrnrooths stiftelse. Stöder utbildning, kultur, samhällelig verksamhet, jordbruk och miljöskydd.
Ehrnrooth-stiftelserna gemensamma tillgånger överskrider 400 miljoner euro. Tillsammans möjliggör dessa stiftelser att den redan högklassiga forskningen i Finland kan fortsätta utvecklas.
År 2013 firade stiftelsen sitt 50-årsjubileum och lät skriva en jubileumsbok.
Magnus Ehrnrooth (1901–1982) föräldrar var bergsrådet och mecenaten Georg Ehrnrooth samt Anna Gabriella (Ella) af Nyborg. Magnus Ehrnrooth studerade kemi och fysik vid Helsingfors universitet och fortsatte med studier i kemi på doktorandnivå först i Tyskland och senare i slutet av 1920-talet hemma i Helsingfors. Samtidigt verkade Magnus Ehrnrooth som assistent vid kemiska institutionen vid Helsingfors universitet.
Som universitetsassistent moderniserade Magnus Ehrnrooth undervisningen vid universitetet och drev bland annat på introduktionen av praktiska metoder i samband med laboratoriearbetet. År 1932 doktorerade Magnus Ehrnrooth på avhandlingen Bidrag till kännedom om alkaloidernas överföring i utspädda organiska lösningsmedel (Helsingfors universitet 1932).
Efter att Magnus Ehrnrooth far Georg Ehrnrooth gått bort 1935 tillägnade Magnus Ehrnrooth sin verksamhet till att förvalta de betydande mark- och jordtillgångarna han ärvt.
I likhet med sin far och broder präglades Magnus Ehrnrooth av en stark vilja att påverka för samhällets väl. Idag är den av Magnus Ehrnrooth grundade stiftelse den starkaste manifestationen av hans välgörenhetsverksamhet. Magnus Ehrnrooth donerade också livligt med medel för klassisk musik och ungdomsverksamhet. 1955 donerade han av sin markägendom till Finnby ungdomsförening som lät resa på tonten ungdomshuset Magnusborg. Magnus Ehrnrooth satt också 16 år i Borgå stadsfullmäktige och i styrelsen för Borgå kretssjukhus och Helsingfors universitetssjukhus.
År 1965 publicerade Magnus Ehrnrooth en monumental biografi över sin farfarsbror generalen Casimir Ehrnrooth. Släkthistoria intresserade Magnus Ehrnrooth stort och åtta åt senare utkom en släkthistoria om släkten Plagman-Ehrnrooth. Utöver släkten var Magnus Ehrnrooth intresserad av klassisk litteratur och han var en duktig pianist.
Läs Magnus Ehrnrooth bok om Casimir Ehrnrooth här.